Аниме "Доктор Стоун" рассказывает историю о мире, который был захвачен загадочной силой, превратившей всех людей и животных в каменные статуи. Главный герой, Тайга Исигами, оказывается одним из немногих, кто не попал под воздействие этой силы. Он пробуждается через 3700 лет после катастрофы и обнаруживает, что мир изменился до неузнаваемости.

Тайга вместе со своим другом Сенку и несколькими выжившими людьми начинает исследовать новый мир и искать способ вернуть всех к жизни. Они обнаруживают, что Сенку обладает уникальными знаниями в области науки и технологий, и вместе они начинают восстанавливать цивилизацию с нуля.