Аниме "Врата Шейна" рассказывает о парне по имени Шейн, который живет в мире, где люди могут путешествовать между различными измерениями. Однажды, во время своего обычного путешествия, Шейн оказывается в загадочном мире, который никогда раньше не видел. Там он встречает загадочную девушку по имени Лилиан, которая рассказывает ему о существовании магических врат, которые ведут в разные миры.

Шейн узнает, что эти врата могут быть открыты только одним человеком - Избранным, и он оказывается именно им. Вместе с Лилиан, Шейн отправляется в опасное путешествие, чтобы найти и открыть все врата и спасти мир от зла, которое угрожает ему.